无论是买来的咖啡豆，或是手工磨出来抑或买回来已经磨好的咖啡粉，要怎么保存，才不会失去风味，也不会流失营养？
咖啡豆或咖啡粉当然可以放在冰箱保存，不过咖啡豆和咖啡粉最忌湿气，切记必须要使用密封且深色非透明的容器来存放，用以隔绝冰箱门开关所造成的潮湿的情况。太过潮湿的环境会使咖啡粉易结成块，造成冲泡不均匀的情形。更重要的是，这些咖啡豆、咖啡粉可能会发霉，而一旦发霉就很可能会产生十分顽强的赭曲毒素。
赭曲毒素分为A、B、C三种，其中又以赭曲毒素A毒性最强。赭曲霉菌生长的条件，只要水活性0.8以上且有充足的空气（对于潮湿地方或者地点来说是非常容易滋生！），就会产生孢子，广泛散布于土壤及空气中，一旦遇有合适的环境，就会滋长产生赭曲毒素，所以咖啡豆从进口后到售出的过程中，运送、储藏、贩卖，都以真空包密封维持干燥程度，预防赭曲菌的生长。
误食赭曲毒素A，就很容易累积在人类体内。就算即使利用煮沸或是高温（200℃）持续烧烤咖啡5分钟，至多也只能破坏7成的毒素，若重烘焙10-20分钟，甚至至少还有2成仍具有此毒性。所以大家务必要讲咖啡存放在干燥地方。
咖啡豆存放的地点最好是阴凉干燥且通风处，开封后咖啡豆的确可以存放在冰箱内，但只能当作暂时的保鲜方式，最长时间不宜超过7天。因为咖啡豆尤其是已研磨好的咖啡粉对于光线、湿度以及温度都非常敏感，任何光线直射、潮湿、高温都会伤害咖啡本身的香气、味道，甚至是营养成分。所以咖啡豆从冰箱取出后，尽量避免水气凝结在其表面造成潮湿变质，一定要趁新鲜研磨并饮用完毕，剩下的咖啡粉就不要反复冷藏。
