最近就有报导称喝咖啡会致癌，因为咖啡含有致癌物丙烯酰胺，甚至会伤肾、带来生殖毒性。丙烯酰胺是一种化学物质，世界卫生组织目前把丙烯酰胺列为第二级致癌物（2A致癌物），丙烯酰胺是由“还原糖”例如葡萄糖、果糖等和某些氨基酸在高温油炸、烘焙加热过程中所产生。
生咖啡豆本身就含有各种成分，如碳水化合物、蛋白质、油脂、有机酸等，经过加热烘培就会生成一连串反应，产生香醇气味。其中最重要的两种反应，为焦糖化反应与梅纳反应，因此也会含有丙烯酰胺。如果想喝咖啡喝得健康的，就要选对咖啡豆、注意烘焙温度，以及尽量少“煮”咖啡。
虽然在动物实验发现，丙烯酰胺有致癌风险，但没有足够证据証明会对人类致癌，而且丙烯酰胺在咖啡中的含量极低，正常健康的人体都能代谢掉。不过如果想喝得更健康，就可以从选择瑕疵咖啡豆、烘焙温度，或冲泡方式等作考虑，减低接触丙烯酰胺。
一般而言，较为廉价而且有瑕疵的咖啡豆像是未熟豆、虫蛀豆、发霉豆等会含有较多的天门冬酰胺，所以在后续烘焙更容易产生出丙烯酰胺。价格较高的精品咖啡豆因为会经过数次挑豆，将这些瑕疵豆去除，从而降低未熟豆的比例。同时属于较便宜的咖啡豆，为省成本不过为了增添较强烈的味道，制造商可能会加入添加剂而有机会增加丙烯酰胺含量，所以选择咖啡时最好考虑咖啡豆来源、咖啡店信誉等。
咖啡豆烘焙时的温度非常高，温度会逐渐加温至200度以上，这样的高温环境有利于丙烯酰胺的产生。其中有研究中指出，丙烯酰胺约在烘焙开始的1分钟生成量最多，亦代表丙烯酰胺在“浅焙”豆的含量中会较高于中焙与深焙的咖啡豆。
由于丙烯酰胺的水溶性很高，所以容易溶入咖啡液中。煮咖啡的时间最长、温度最高，就会溶解出的丙烯酰胺含量也最多。现在于多伦多的咖啡豆都有多种咖啡煮法提供，除了有传统最常见的espresso之外，还有pour over、chemex、french press等选择，其中espresso浓缩咖啡的萃取时间短，完整的萃取约为25-30秒，会使丙烯酰胺的溶解量减少。
