教宗方济各周日上午在曾遭投下原子弹的日本长崎发表演说，并为原爆受害者默哀。他呼吁建立一个无核武的和平世界，强调拥有核武和其他大杀伤力武器，并非达致长远和平的方法。他之后访问同样受过原子弹摧毁的广岛市。
教宗在长崎原爆死难者追悼和平祈念馆说：“拥核和其他大规模毁灭性武器，并不是（渴望长远和平）的答案。我们的世界显现错误的二分法，试图透过恐惧和不信任带来的虚假安全感，来捍卫和确保和平稳定。”
他在雨中表示：“和平与国际稳定，并不能基于彼此摧毁的恐惧或全体灭绝威胁而建立。”他也讉责破坏禁止核武扩散条约之举。并呼吁各国政府，包括各国政府，共同努力，实现一个没有核武器的世界。
他其后到访长崎的26烈士纪念碑，纪念日本残酷镇压基督教信仰250年间的殉难者。信徒在那段期间不转到地下就必须面对死亡。“潜伏的基督徒”会混合佛教和神道教信仰以求生。
他亦在长崎出席大型弥撒。他其后转到另一个原爆城市广岛，出席在和平纪念公园的活动，和原爆幸存者会面，并发表讲话。
美国为了结束第二次世界大战，于1945年8月6日及8月9日先后在广岛和长崎两个城市各投下一枚原子弹，在广岛即时夺走7万8千人的性命，长崎则是2万7千人。原子弹造成的辐射最终令广岛多达14万人丧生，长崎则最终有7万4千人罹难。
方济各是于上周六晚抵达日本，进行为期4天的访问。他也是38年来第一位访问日本的教宗，曾对聚集东京的主教提及自己年轻时希望能在日本传教，后来也达成梦想。
教宗周一会在东京和日本“311”大地震以及福岛核事故的幸存者会面，之后会和日皇德仁及首相安倍晋三会晤。
