从1991年调任国务院副总理，到1998年至2003年担任国务院总理，朱镕基在国家经济体制转型的关键时期，直面发展难题，牵头推进财税、金融、国企等一系列根本性经济改革，坚定应对亚洲金融风暴的冲击，成功带领中国加入世界贸易组织，为中国经济的市场化、国际化及持续健康发展筑牢根基。由于其优秀的政绩及强硬作风，因此被外媒冠以中国“经济沙皇”的名号。
上世纪90年代初，财政包干制下中央财政收入占比持续走低，甚至出现中央向地方“借钱的局面。1993年，朱镕基牵头推进财税体制改革，力主实施“分税制，74天里带队走访17个省，逐地沟通解释改革方案，厘清中央与地方的财权事权边界。1994年1月1日，分税制正式实施，按税种划分中央税、地方税和共享税，建立税收返还制度。
改革成效立竿见影，仅1994年全国财政收入便增长近20%，中央财政收入占比从35.8%跃升至74.1%，彻底扭转了中央财政的被动局面，成为中国财税体制现代化的重要里程碑。不过有评论也认为分税制减少了地方的税收，导致地方政府转而过度依赖卖地收入。
上任副总理之初，中国面临严重的通胀问题，朱镕基以强硬的调控手段，通过收紧银根、控制投资、整顿市场秩序等举措，有效治理通胀，推动中国经济成功实现“软着陆”。
1997年亚洲金融危机来袭，中国经济遭遇外贸出口零增长甚至负增长、国有企业职工下岗、需求不足等多重压力，彼时诸多外界建议人民币贬值以提振出口。面对困境，朱镕基果断决策，实施积极的财政政策和稳健的货币政策，坚决保持人民币汇率稳定。
针对国有企业效率低下、经营困难的问题，朱镕基提出“抓大放小”的改革思路，集中力量扶持大型骨干企业，推动中小企业改制重组，推动国有企业逐步走向市场。不过当时也有异议声音指国企改革令大批职工失去铁饭碗，“朱嘴一张，工人下岗”。
在金融领域，他着力整顿金融秩序，对银行系统提出“约法三章，规范金融机构经营行为，防范化解金融风险；推动国有银行改革，强化央行的宏观调控和金融监管职能，完善金融市场体系，让金融更好服务于实体经济发展。一系列改革举措，让国有企业逐步摆脱计划经济束缚，金融体系的抗风险能力和服务能力显著提升。
在推动国内改革的同时，朱镕基始终坚定推进对外开放，积极推动中国加入世界贸易组织。在中美入世双边谈判最艰难的时刻，他亲自出面与美方磋商，打破僵局，促成中美达成协议，为中国入世扫清关键障碍。
2001年，中国正式加入世贸，成为第143个成员，不仅让中国更好地参与全球资源配置、分享经济全球化红利，更倒逼国内经济体制进一步改革，推动中国经济在市场化、国际化的道路上迈出关键一步。
