一個國際團隊在英國期刊《自然．微生物學》發表報告說，新冠病毒可能在40至70年前從與之關係最緊密的蝙蝠病毒中分化出來，這意味着產生新冠病毒的病毒譜系，可能已在蝙蝠中傳播幾十年了。報告表示，想要提前鑒定出有可能引發重大疫情的病毒非常困難，因此需要建有人類疾病即時監測系統。
了解新冠病毒的演化歷史一直是一件很有難度的事，因為已知冠狀病毒會重組(即不同病毒之間交換遺傳物質)，而且病毒的小的基因組亞區，也可能具有不同的祖先起源。來自美國賓夕法尼亞州立大學、英國愛丁堡大學、香港大學等機構的研究人員有關「sarbecovirus」(乙型冠狀病毒支系B，即新冠病毒所屬的冠狀病毒亞屬)的基因組數據，分析了新冠病毒的演化歷史。
蝙蝠病毒RaTG13被鑒定為與新冠病毒關係最密切，同時提示新冠病毒暴發可能源於蝙蝠。但是，研究人員也在穿山甲體內發現了相似的冠狀病毒，因此有觀點認為，穿山甲可能是中間宿主。
《科技日報》報道，團隊採用了3種方法來鑒定未經歷重組的以及可用於重構病毒演化歷史的新冠病毒的病毒區域。所有方法均表明，RaTG13和新冠病毒擁有共同的單一祖先譜系，估計新冠病毒分別在1948年、1969年和1982年從相關的蝙蝠病毒「sarbecovirus」中分化出來。
研究團隊進一步檢查新冠病毒刺突蛋白的受體結合域(RBD)，正是這一部分使病毒能利用人ACE2受體進入細胞。雖然已表明新冠病毒的刺突蛋白，在遺傳上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但是研究團隊此次沒有在刺突蛋白上發現證據，即可表明在產生新冠病毒的病毒和其他已知的「sarbecovirus」病毒之間發生了重組的證據。
根據這一發現，研究人員提出刺突蛋白及其RBD，是產生新冠病毒和RaTG13的先祖特徵，並得出結論：雖然新冠病毒和穿山甲病毒擁有一個共同祖先，而且穿山甲可能在新冠病毒傳人的過程中發揮了一定的作用，但是它們不太可能是新冠病毒的中間宿主。
研究人員認為，新冠病毒分化時間長表明可能存在未取樣、具有潛在傳染力的蝙蝠病毒譜系，這種傳染力來源於承自祖先的新冠病毒的RBD上人適應接觸殘基的遺傳位點，不過，還需要更好地進行採樣來評估這一點。研究團隊總結稱，蝙蝠病毒譜系中病毒重組的現有多樣性和動態過程，證明了要事先鑒定出有可能引發重大人類疫情暴發的病毒是相當困難的，進一步突出地表明：世界需要有人類疾病即時監測系統，以便快速地鑒定病原體並對其進行分類。
