一个国际团队在英国期刊《自然．微生物学》发表报告说，新冠病毒可能在40至70年前从与之关系最紧密的蝙蝠病毒中分化出来，这意味着产生新冠病毒的病毒谱系，可能已在蝙蝠中传播几十年了。报告表示，想要提前鉴定出有可能引发重大疫情的病毒非常困难，因此需要建有人类疾病即时监测系统。
了解新冠病毒的演化历史一直是一件很有难度的事，因为已知冠状病毒会重组(即不同病毒之间交换遗传物质)，而且病毒的小的基因组亚区，也可能具有不同的祖先起源。来自美国宾夕法尼亚州立大学、英国爱丁堡大学、香港大学等机构的研究人员有关“sarbecovirus”(乙型冠状病毒支系B，即新冠病毒所属的冠状病毒亚属)的基因组数据，分析了新冠病毒的演化历史。
蝙蝠病毒RaTG13被鉴定为与新冠病毒关系最密切，同时提示新冠病毒暴发可能源于蝙蝠。但是，研究人员也在穿山甲体内发现了相似的冠状病毒，因此有观点认为，穿山甲可能是中间宿主。
《科技日报》报道，团队采用了3种方法来鉴定未经历重组的以及可用于重构病毒演化历史的新冠病毒的病毒区域。所有方法均表明，RaTG13和新冠病毒拥有共同的单一祖先谱系，估计新冠病毒分别在1948年、1969年和1982年从相关的蝙蝠病毒“sarbecovirus”中分化出来。
研究团队进一步检查新冠病毒刺突蛋白的受体结合域(RBD)，正是这一部分使病毒能利用人ACE2受体进入细胞。虽然已表明新冠病毒的刺突蛋白，在遗传上更接近穿山甲病毒而非RaTG13，但是研究团队此次没有在刺突蛋白上发现证据，即可表明在产生新冠病毒的病毒和其他已知的“sarbecovirus”病毒之间发生了重组的证据。
根据这一发现，研究人员提出刺突蛋白及其RBD，是产生新冠病毒和RaTG13的先祖特征，并得出结论：虽然新冠病毒和穿山甲病毒拥有一个共同祖先，而且穿山甲可能在新冠病毒传人的过程中发挥了一定的作用，但是它们不太可能是新冠病毒的中间宿主。
研究人员认为，新冠病毒分化时间长表明可能存在未取样、具有潜在传染力的蝙蝠病毒谱系，这种传染力来源于承自祖先的新冠病毒的RBD上人适应接触残基的遗传位点，不过，还需要更好地进行采样来评估这一点。研究团队总结称，蝙蝠病毒谱系中病毒重组的现有多样性和动态过程，证明了要事先鉴定出有可能引发重大人类疫情暴发的病毒是相当困难的，进一步突出地表明：世界需要有人类疾病即时监测系统，以便快速地鉴定病原体并对其进行分类。
