有研究報告顯示，多倫多地鐵的空氣污染情況轉差，空氣污染物水平高於室外空氣，其中以二號線（Line 2）的情況尤為嚴重。但是，當局仍鼓勵民眾繼續乘搭地鐵，因為這樣有助環保。
該項研究由多倫多公共衛生局（Toronto Public Health）所做，衛生局醫療主任維娜醫生（Dr. Eileen de Villa）在研究報告中指出，正如其他類似的地鐵系統，多倫多地鐵內的空氣微粒污染物（PM2.5）水平有所上升。但她仍然認為，乘搭地鐵「是一種健康的出行方式」，比開車更環保。
維娜醫生的意見獲得一些市議員的認同。TTC主席兼當河谷西選區（Don Valley West）市議員賓遜（Jaye Robinson）表示，雖然多倫多市民對報告所指的空氣污染感到憂慮，但專業的公共衛生人員和運輸官員均已明確表示，地鐵仍是一種安全和有助環保的運輸工具。
污染物與疾病風險有關
市議員周凱捷（Joe Cressy）亦指出，公共衛生局已對地鐵進行過全面的健康風險評估，雖然與全球其他城市的地鐵一樣，多倫多地鐵需要改善空氣質素，但他相信地鐵依然是「健康的出行選擇」。
維娜醫生在報告中提出多項建議，包括要求當局評估地鐵的操作系統，例如自動列車控制及通風系統等。但她認為，對於評估PM2.5對地鐵乘客構成什麼健康風險，目前尚沒有既定的標準或指引。
人類健康風險評估（HHRA）報告指出，在TTC地鐵內測到的PM2.5污染物，與許多短期和長期健康問題有關，包括導致呼吸道及心血管疾病風險增加等。
TTC員工工會主席桑托斯（Carlos Santos）表示，公共衛生局的報告顯示，地鐵內出現明顯的空氣污染風險，但報告卻沒有提及地鐵員工所面對的風險，證明當局沒有正視員工的安全。
多倫多市長庄德利（John Tory）表示，TTC自1995年以來一直沒有做過空氣質素評估，這份研究報告提供了許多最新資料，有助未來的改善工作。
