据梵蒂冈在每日公告中表示，教宗方济各于周六先后召见两位常驻梵蒂冈的加拿大籍枢机主教切尔尼(Michael Czerny)及韦莱(Marc Ouellet)。尽管梵蒂冈并未有透露会议中谈及的议题，但有外交人员认为，该次会议有可能与本国日前热论的原住民寄宿学校有关。
发现215名儿童遗骸的甘碌市原住民寄宿学校，于1890年至1969年开设，由天主教会运营，曾经是全国最大的原住民寄宿学校。加拿大约有47%的寄宿学校是由无玷圣母献主会 (Missionary Oblates of Mary perfectulate)开办，包括甘碌市的这所寄宿校。
对于甘碌市（Kamloops）前寄宿学校旧址发现的215具儿童遗骸，许多加拿大国民呼吁教宗，应为天主教会当年运营原住民寄宿学校的事件道歉。当年约15万名第一民族、梅蒂斯人和因纽特人儿童被迫送入教会经营或政府资助的寄宿学校。
曾对美洲殖民行为道歉
2013年当选教宗的方济各，对美洲的殖民行为曾作出道歉，但有指方济各通常只会在出访其他国家的时候才作出道歉，而他并没有访问加拿大的计划。在2015年，教宗出访玻利维亚时曾以上帝的名义，对美洲原住民犯下的许多严重罪行作出道歉。
加拿大的寄宿学校系统强行将大约15万儿童与其家人分离，许多儿童在学校遭受了虐待、强奸或未给予足够营养，真相与和解委员会（Truth and Reconciliation Commission）在其2015年的报告中称这种做法为“文化种族灭绝”。加拿大政府于2008年正式就原住民寄宿学校向原住民社区道歉，并且协商成立了“原住民真相与和解委员会”。
总理杜鲁多周五表示，天主教会应对原住民寄宿学校出现的问题承担责任，并作出正式道歉。杜鲁多称：“过去多日来，许多像我一样的天主教徒一直想知道，为什么加拿大的天主教会保持了沉默，没有站出来，没有表现出领导力。”
